Республиканские комплексные заказники:
1. Сумультинский 2. Шавлинский 3. Кош-Агачский

Зона покоя «Укок» (природный резерват)

Горные вершины, перевалы и валы:
1. Гора Белуха 6. г. Сарлык
2. г. Белый Камень (У-Канский р-н) 7. Гора Верблюд (Чемал)
3. г. Иконостас (Турочакский р-н) 8. Пер. Семинский
4. Гора Комсомольская 9. Массив Белый Бом
5. перевал Чике-Таман

Геологические разрезы:
1. Геологический разрез угленосных отложений кошагачской свиты (правобережье р. Самаха).
2. Чаган-Узунские строматолиты

Карстовые массивы и карстовые формы рельефа:
1. Барлакский карстовый массив (правобережье р. Сема)
2. Карстовая воронка «Чашина» (левобережье р. Каракокша)
3. Шивертинский карстовый желоб-каньон (правобережье р. Кырлык)
4. Еландинский желоб-каньон (левый берег р. Катунь)
5. Еландинский желоб-каньон (правобережный) (р. Катунь)
6. Чепошская карстовая арка (левый берег Катуни)
7. Первая Каракольская карстовая арка (У-Канский район, р. Каракол).
8. Вторая Каракольская карстовая арка (У-Канский район, р. Каракол).
9. Пещера Большая Камышлинская (Шебалинский р-н, лев. бер. р Камышла
10. Пещера Большая Чуйская (Онгудайский р-н, лев. Бер р. Чуя)
11. Пещера Верхне-Куюмская (Чемальский р-н, склон хр. Иолго)
12. Пещера Старая Каракольская (Усть-Канский р-н, верхн. бассейн р. Ануй)
13. Пещера Верхне-Аносинская (Чемальский р-н, сев. С. В.Анос)
14. Пещера Киндерлинская (Шебалинский р-н, исток р. Киндерла, лев. приток Катуни)
15. Пещера Чууракская (Майминский р-н, правый борт лога Сухой Чуурак)
16. Пещера Большая Белобомская (Онгудайский р-н, прав. бер. р. Чуя)
17. Пещера Большая Талдинская (Майминский р-н, лев. бер. р. Катунь).
18. Ороктойская (Агайринская) пещера ( Чеиальский р-н, р. Агайра лев. приток р. Ороктой)
19. Ороктойская пещера (лев. бер. р. Ороктой)
20. Арудинская пещера (Чемальский р-н, западнее с. В.Анос)
21. Пещера Опасная ( Шебалинский р-н, севернее с. Камлак)
22. Пещера Камлакская (Шебалинский р-н, прав. Бер. р. Сема)
23. Пещера Барагашская 1 (Шебалинский р-н, лев. бер р. Барагаш)
24. Пещера Яконурская (У-Канский р-н, западнее с. Яконур)
25. Пещера Береговая Талдинская (Майминский р-н, лев. бер. р. Катунь).
26. Пещера Береговая Талдинская 2 (Майминский р-н, лев. бер. р. Катунь)
27. Пещера Талдинская 2 (Майминский р-н, лев. бер.р. Катунь).
28. Пещера Талдинская Береговая Затопляемая (Майминский р-н, лев. бер.р. Катунь)
29. Пещера Верхне-Барагашская (Шебалинский р-н, верховья р. Барагаш)
30. Пещера Барагашская ( Шебалинский р-н,сев-вост. С. Барагаш)
31. Пещера Голубиная (Усть-Канский р-н, прав. бер. р. Каракол прит. Р. Ануй)
32. Пещера Усть-Гиматская или пещера Храм (Юстигиматская) (Кош-Агачский р-н, дол. Р. Усту-Гимате, хр. Чихачева)
33. Ороктойская карстовая шахта (Чемальский р-н, водораздел рек Агайра и Ороктой)
34. Ингурекская карстовая шахта (Чемальский р-н, верховья рек Эликманар и Куюм)
35. ,
36. Камышлинский (Кумыдлинский) карстовый колодец (Шебалинский р-н, )
37. Пещера Музейная (Усть-Кансккий р-н, р. Каракол, в бассейне верхнего Ануя)
38. Пещера Каменная (Майминский р-н, бассейн верхней Маймы).
39. Пещера Туткушская (Тут-Куш) Шебалинский р-н, верховья р. Куюм, прав. приток р. Катунь)
40. Пещера Большая Каракокшинская (Шебалинский р-н, водораздел рек Каракокша и Чемал)
41. Кульдюкская ледяная пещера (Шебалинский р-н, Чергинский хр., между верховьями рек р. Куела и логом Адарда)
42. Талдинская карстовая арка (Шебалинский р-н, лев. бер. р. Катунь)
43. Карстовая пещера Экологическая (Шебалинский р-н, р. Камышла)

Ледниковые формы рельефа:
1. Морена у. Чибит (Улаганский р-н прав. ,бер. р. Чибит)
2. Чаган-Узунская эрратическая глыба (Кош-Агачский р-н, у. П. Чаган-Узун)
3. Горка Геблера (У-Коксинский р-н, остаток одной из морен Катунского ледника)

Долины рек:
1. Манжерокская эпигенетическая долина (Майминский р-н)
2. Аскатская эпигенетическая долина (Чемальский р-н)
3. Чемальская эпигенетическая долина (Чемальский р-н)
4. Чуйская эпигенетическая долина (Улаганский р-н)
5. Участок Байгол (Турачаскский р-н, лесокомбинат Байгольский)
6. Красные ворота (Улаганский р-н, долина р. Чибит)

Террасы:
1. Террасы р. Катуни (онгудайский р-н, между реками Б.Яломан и Чуя).

Водопады:
1. Араза (Онгудайский р-н, р. Араза, прав. приток р. Сумульта)
2. Ачелманский (улаганский р-н, р. Ачелман, лев. приток р. Чулышман ниже с. Балыкча)
3. Бельтирекский (Чемальский р. р. Бельтирек, приток р. Эдиган)
4. Большой Шалтан (Турачакский р-н, р. Шалтан, приток р. Камга)
5. Иедыгем (Кош-Агачский р-н, р. Иедыгем, лев. приток р. Аргут)
6. Иолдо-Айры (Усть-коксинский р-н, р. Иолдо-Айры, лев. приток Кучерлы)
7. Кищте (Турачакский р-н, р. Киште, впад. В Телецкое оз.)
8. Мультинские водопады (Усть-коксинский р-н, верх. р. Мульта)
9. Арочаган (Кош-Агачский р-н, р. Орочаган, лев. приток р. Коксу)
10. Россыпной (Усть-Коксинский р-н, прав. бер. р. Катунь, у ее истоков)
11. Тайменный (Усть-коксинский р-н, р. Таймень)
12. Тегеек (у-Коксинский р-н, р. Тегеек, в 6 км от оз. Кучерлинского)
13. Казенихинский (Усть-Коксинский р-н, р. Казениха)
14. Сайгоныш (Турачакский р-н, прав. приток р. Сайгоныш)
15. Камышлинский (Шебалинский р-н р. Камышла лев. приток р. Катунь)
16. Корбу (Турачакский р-н р. Корбу, впад. в Телецкое озеро)
17. Текелю (Усть-Коксинский р-н, р. Текелю бассейн р. Ак-Кем).

Озера:
1. Ежелю-Коль (Турачаский р-н, бассейн р. М. Чили)
2. Бащелакское (У-Канский р-н, верх. р. Бащелак)
3. Кара-Коль (Усть-канский р-н, Бащелакский хр)
4. Джулукуль (Улаганский р-н,)
5. Нижнее Куратинское (Шебалинский р-н, верх. р. Курата)
6. Второе Куратинское озеро
7. Третье Куратинское озеро
8. Четвертое Куратинское озеро
9. Верхнее Куратинское озеро
10. Чейбекколь (Чойбек Коль) или Мертвое озеро( дол. р. Чибит)
11. Узун-Коль (Улаганский р-н, Улаганское плато)
12. Сару-Коль (улаганский р-н, отроги Айгулакского хр).
13. Бланду-Коль Улаганский р-н, Улаганское плато)
14. Телецкое
15. Садринское (Турачакский р-н, бассейн р. Лебедь)
16. Манжерокское (Майминский р-н)
17. Теньгинское (Онгудайский р-н)
18. Каракольские озера (Чемальский р-н, истоки р. Тура, лев. притока р. Каракол)
19. Туюкские озера (Шебалинский р-н, сев-зап. макросклон Семинского хр.)
20. Мультинские озера (У-Коксинский р-н)
21. Кучерлинское озеро (У-Коксинский р-н)
22. Нижнее Аккемское (У-Коксинский р-н)
23. Тайменье (у-Коксинский р-н)

Водные источники:
1. Чибитский (Улаганский р-н, прав. берег р. Чибитка)
2. Кызыл-Озекский (Майминский р-н)
3. Черемшанский (Майминский р-н, )
4. Манжерокский (Майминский р-н с. Манжерок)
5. Аржан-Суу (майминский р-н, прав. прит. р. Катунь)
6. Чулышманский (Улаганский р-н, )
7. Курловские дачи (Шебалинский р-н, ю-зап. окраина с. Черга)
8. Кадринский (Онгудайский р-н,)
9. Кара-Кебек (Онгудайский р-н, в 39 км зап. с. Туэкта)
10. Большой Яломанский (Онгудайский р-н)
11. Чаган-Узунский (Кош-Агачский р-н)
12. Бугузунский (Кош-Агачский р-н, в 70 км к сев. От с. Кош-Агач)
13. Джумалинские ключи (Кош-Агачский р-н, южн. Склон Южно-Чуйского хр)

Ландшафтные участки:
1. Улалинский рыхлый вал (майминский р-н)
2. Усть-семинский ландшафтный участок (шебалинский р-н, нижнее течение р. Сема)
3. Ландшафтный участок «Шишкулар-Катаил-Чистый луг» –Шебалинский р-н, р. Катунь и Сема)
4. Чулышманский ландшафтный участокУлаганский р-н, лев. бер. р. Чулышман, близ с. Балыктуюль)
5. Урочище Кочимер (турачакский р-н, хр. Торот)
6. Урочище Джазатор (Кош_агачский р-н, у слияния рек Джазатор и Ак-Калаха)
7. Урочище Теньгинское (Теньгинское оз. Онгудайский р-н)
8. Урочище Пазырык (Улаганский р-н, Улаганское плато)
Пять объектов республики Алтай включены в список природных объектов Мирового Наследия
1. Алтайский заповедник
2. Катунский заповедник
3. Зона покоя «Укок»
4. Телецкое озеро
5. Гора Белуха.